本校奉教育部核准於民國99年8月1日由國立金門技術學院升格並轉型為國立金門大學，同時將土木與工程管理學系、電機工程學系、資訊工程學系、和食品科學系等四個學系組成理工學院，其中土木與工程管理學系、電機工程學系、食品科學系等三學系設有碩士班，電機工程學系設有招收高職生之專班。

自102學年度起，奉教育部核准設理工學院工程科技碩士在職專班，招收在職進修碩士學位之研究生，為金門地區第一個工程類碩士在職專班。104學年度起奉准新設理工學院智慧計算與應用碩士班，107學年度起更名為理工學院資訊科技與應用碩士班，可提供金門地區在地人士進修之管道與機會。110學年度為整合專業領域，停招工程科技碩士在職專班，新設理工學院資訊科技與應用碩士在職專班，112學年度停招理工學院資訊科技與應用碩士班，新設資訊工程學系碩士班，停招理工學院資訊科技與應用碩士在職專班，新設電機工程學系碩士在職專班。

理工學院之發展方向包括：

(一)培育中階及高階工程科技專業人才。
(二)提供地區在職進修管道。
(三)從事前瞻科學與工程科技研究。
(四)促進地區經濟發展與建設。

本院各學系之研究領域涵蓋甚廣，其中最具在地特色之項目有島嶼特色食品開發、人工智慧應用、綠能科技與應用、空間資訊系統應用等研究，對地方軟硬體建設與特色產業發展有長期而廣泛之助益。